L’UNES a été fondée en tant qu’organisation faîtière nationale le 19 juin 1920 à Zurich par les corps étudiants des universités de Bâle, Genève, Neuchâtel et Zurich, l’EPF de Zurich, l’université de Saint-Gall, l’association des étudiants tessinois et quelques étudiants de Berne. Les premières décennies de l’UNES ont été marquées par un travail international animé. Déjà dans l’entre-deux-guerres, mais surtout depuis 1945, l’union a établi de nombreux contacts avec d’autres organisations étudiantes, notamment en Europe.